Den sørlige delen av Serengetis nesten uendelige gresslette kalles Ndutu-området. Det er oppkalt etter den saltvannssjøen Lake Ndutu, som, sammen med den nærliggende Lake Masek, ligger midt i et gigantisk flatt område med ganske korte gress, mens skråningene ned mot sjøene er dekket av åpen akasieskog. Selv om det ofte refereres til som det sørlige Serengeti, ligger hoveddelen av området faktisk i Ngorongoro Conservation Area sammen med det berømte krateret, mens selve Serengeti nasjonalpark ligger nord og vest for dette.
Ndutu-området er spesielt kjent for å være beitemark for den store flokken på over en million vandrende gnuer og sebraer, "den store migrasjonen", i årets første måneder. Dette området er kanskje den aller viktigste destinasjonen på denne store årlige vandringen på grunn av det korte gresset. Dette skyldes at denne typen gress er rik på mineraler fra den vulkanske jorden, noe som er viktig for gnu-kalvene og sebra-foalene. De blir nesten alle født i dette området, der de di i de første månedene av livet sitt. Den mineralrike melken er derfor en livsviktig start for rundt en halv million gnu-kalver og sebra-foal som kommer til verden fra desember til mars. Flere hundre tusen gazeller oppholder seg også på de kortgressede slettene i denne perioden, så dyremengden er helt unik.
I tillegg til de store flokkene av gnuer, sebraer og gazeller i sesongen, er Ndutu-området også kjent for å huse hele seks av Afrikas kattedyr; fra den lille afrikanske villkatten til de større servalene og karakalene, og til de aller største, nemlig løver, leoparder og geparder. Spesielt for sistnevnte er dette blant de absolutt beste stedene på hele kontinentet for å se denne ultimate sprinteren. Også hyener sees ofte i området, der spesielt den flekkete hyenen er tallrik og lever i store flokker, mens den sky stripete hyenen lever som en solitær og sees oftere her enn de fleste andre steder.
Når de korte gressene tørker ut fra juni til november, og de store dyreflokkene trekker nordover, sees de fleste dyrene i områdets akacieskoger rundt sjøene. Her lever blant annet elefanter og giraffer, samt flere arter av antiloper og aper. I Ndutu- og Maseksjøene, begge lave saltsjøer, lever noen flodhester, mens det av og til sees mange flamingoer. Fuglelivet er generelt svært rikt og variert, og hvis noen fugler skal fremheves, må det være de mange rovfuglene og spesielt gribbene, som sees i stort antall.
